Encuentro Modelamiento Molecular Colombia 2020


Descripción del Evento

El primer Encuentro Modelamiento Molecular Colombia 2020 tiene como propósito principal entablar una discusión sobre los retos que enfrentamos y los resultados que hemos logrado haciendo investigación en modelamiento y simulación molecular en nuestro país. Además, busca propiciar un ambiente adecuado que incentive a quienes están empezando en esta área y quienes cuentan con experiencia, para discutir sus ideas, presentar sus trabajos, recibir retroalimentación de la comunidad, así como establecer y fortalecer las redes de colaboración entre investigadores del país. Este evento se realizará el 4 diciembre del 2020 y contará con paneles de expertos, presentaciones orales y charlas cortas.

Cada una de las presentaciones orales tendrá un espacio de 15 minutos de exposición y 5 minutos de preguntas de la audiencia, mientras que las charlas cortas tendrán una duración de 3 minutos.

Temáticas

  • Dinámica molecular (MD)
  • Docking Molecular
  • Dinámica de macromoléculas (Dinámica browniana, dinámica de fluidos, etc.)
  • QM/MM (Mecánica Cuántica/ Mecánica Molecular)
  • Métodos de muestreo en MD
  • Metadinámica
  • Plegamiento de proteínas
  • Cálculos de energía libre
  • Métodos multiescala
  • Simulaciones Coarse-Grained

Fechas importantes

13 de Octubre de 2020: Cierre de postulación de trabajos
1 de Noviembre de 2020: Anuncio de trabajos seleccionados
15 de Noviembre de 2020: Cierre inscripciones
4 de Diciembre de 2020: Evento

Programa

8:00 - 8:15 Bienvenida
Moderadora: Angélica Sandoval-Pérez

8:15 - 9:15 Foro Retos en la investigación de modelamiento molecular en Colombia
Moderador: Camilo Aponte-Santamaría.
  • Pilar Cossio, Universidad de Antioquia, Medellín.
  • Gian Pietro Miscione, Universidad de los Andes, Bogotá.
  • Martha Daza, Universidad Industrial de Santander, Bucaramanga.
  • Daniel Gallego, Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, Tunja.
9:15 - 9:30 Descanso

9:30 - 10:20 Charlas cortas

10:20 - 10:30 Descanso

10:30 - 12:00 Charla: Dinámica Molecular
Moderadores: Andrés Pereañez, Rodrigo Ochoa.
  • 10:30 - Dynamics of self-interacting bio-inspired polymers in shear flows. Helman Alirio Amaya Espinosa.
  • 10:45 - Estudio de la agregación de hidrocarburos poli-aromáticos en mezclas heptano - tolueno mediante Dinámica Molecular. Marcia Luna Ramirez Hincapie.
  • 11:00 - Entendimiento teórico del efecto de la estructura molecular del solvente en el comportamiento reológico de soluciones de hidrocarburos poli-aromáticos : Tolueno vs p-Xileno. Iván Moncayo Riascos.
  • 11:15 - Cribado virtual y análisis in vitro de compuestos inhibidores de la enzima Isocitrato-Deshidrogenasa (IDH) de Leishmania panamensis. Juan David Ospina Villa.
  • 11:30 - Evolución de las interacciones durante la inserción del ibuprofeno en un modelo de membrana celular. Natalia Andrea Rojas Valencia.
  • 11:45 - Interacciones entre triterpenos y una metaloproteinasa de veneno de serpiente: simulaciones moleculares y experimentos. Lina María Preciado.
12:00 - 13:30 Almuerzo

13:30 - 14:30 Charla: Docking Molecular
Moderador: Julián Ruiz-Saénz.
  • 13:30 - Construcción de una libraría de péptidos con potencial inmunogénico derivados de proteínas del virus del distemper canino (CDV): aproximación in silico. Santiago Rendón-Marín.
  • 13:45 - Desarrollo de un modelo QSAR para la actividad antichagas de derivados de naftoquinona. Lina Sofía Prieto Cárdenas.
  • 14:00 - Búsqueda de moléculas de origen natural con potencial inhibitorio del regulador transcripcional HrpX del sistema de secreción tipo III de Xanthomonas citri subsp.citri: Un enfoque computacional. Yoana Milena Sarmiento Bautista.
  • 14:15 - AMDock: a versatile graphical tool for assisting molecular docking with Autodock Vina and Autodock4. Mario Sergio Valdes Tresanco.
14:30 - 14:40 Descanso

14:40 - 15:40 Charla: QM+QM/MM
Moderador: Isaias Lans.
  • 14:40 - Efecto de la longitud del grupo acilo en los puentes de hidrógeno esenciales para la acilación de propranolol, catalizada por lipasa B de Candida antarctica. Gilberto Alexander Zapata Romero.
  • 14:55 - Exploración de conformaciones de pequeños clusters de plata. Daniel Sucerquia Gaviria.
  • 15:10 - Estudio Computacional del Mecanismo de Reacción de la biodegradación de tereftalato de polietileno (PET) por la PET hidrolasa. David Figueroa.
  • 15:25 - Adsorcion de gases sobre oxidos de fosforeno. Edison Albert Zuluaga Hernández.
15:40 - 16:00 Descanso

16:00 - 17:00 Panel Computación de Alto Rendimiento para Simulaciones Moleculares
Moderadora: Lucy Jiménez.
  • Exprimiendo todo el jugo: rendimiento de hardware para dinámica molecular. Iván Púlido, Universidad de los Andes, Colombia.
  • Del portátil al HPC. Jose Monsalve, University of Delaware, Estados Unidos.

Lista Charlas Cortas
Moderador: Rodrigo Ochoa.
  • Positioning of cholesterol around AQP0 studied with molecular dynamics simulations. Juan David Orjuela Zúñiga.
  • Comportamiento de fase y elástico de bicapas lipídicas mediante Dinámica Molecular. Margarita María Valderrama Maya.
  • Evaluación In Silico de compuestos di-halogenados derivados de la L-Tirosina contra proteínas virales del VIH-1. Maria Suleny Serna Arbelaez.
  • Efecto de la composición de ceramidas en la estructura del estrato córneo - un estudio de dinámica molecular. Natalia Rivero Arenas.
  • Análisis in silico de la proteína hipotética XAC0340 asociada a la patogénesis indican un rol de regulación transcripcional en Xanthomonas citri subsp. citri. Sara Coromoto Suarez Acevedo.
  • Hallazgo de nuevos sistemas de expresión inducibles por compuestos aromáticos de interés biotecnológico en Pseudomonas putida KT2440. Maria Juliana Rolon Rojas.
  • Aplicación de la teoría cuántica de átomos en moléculas (QTAIM) al estudio de la resolución cinética enzimática del propranolol, un aminoalcohol con aplicaciones farmacéuticas. David Alejandro Rincón Daza.
  • Evaluación In silico de la Respuesta del Receptor Endocanabinoide CB1 a Agentes Moduladores de Actividad Biológica Agonistas y Antagonistas. Andres Camilo Cifuentes López.
  • A nueva de etodología de validación para mapas generados mediante microscopía crioelectrónica utilizando un conjunto independiente de imágenes. Sebastian Ortiz.
  • Evaluación de las interacciones no covalentes entre limoneno, geraniol, citronella y streptococcus mutans empleando acoplamiento molecular. Mario Andrés Jurado Herrera.
  • Análisis inmunoinformático de hemaglutinina de aislados porcinos colombianos del virus de influenza A H1N1. Jessica Alejandra Piñeros Ochoa.

Organizadores

Angélica Sandoval-Pérez, Investigadora Postdoctoral, Universidad de los Andes.
Lucy Jiménez, Colaboradora grupo COBO, Universidad de los Andes.
Rodrigo Ochoa, Estudiante de doctorado en Ciencias Químicas, Universidad de Antioquia.


Con el apoyo de